A bajor politikusnak a Bild című lapnak adott múlt pénteki interjúját sokan bírálták, amiért azt mondta: az iszlám nem része Németországnak, a muzulmánok viszont igen.
Szavait először Angela Merkel kancellár kritizálta, mondván: ha négymillió muzulmán Németországhoz tartozik, akkor a vallásuk, az iszlám is. A hét végén a jobboldali CDU/CSU pártszövetséggel koalícióban kormányzó szociáldemokraták (SDP) politikusai, illetve az ellenzéki Zöldek is felháborodásukat fejezték ki Seehofer kijelentése miatt. Andrea Nahles, az SPD frakcióvezetője, Katarina Barley igazságügyi, illetve Franziska Giffey családügyi miniszter is arról nyilatkozott, hogy az iszlámról szóló vita régóta téma a német jobboldalon, ám a gyakorlatban nem járul hozzá a problémák megoldásához.
Cem Özdemir, a Zöldek Bundestag-képviselője azt mondta, hogy a keresztények, a zsidók, a muszlimok és az ateisták alapvetően jól megférnek egymás mellett, ezért a világnézetük, a vallásuk és a hitük is az országhoz tartozik. A bírálatokra reagálva a belügyminiszter a Welt am Sonntagnak adott tegnapi interjúban kijelentette: „Senki sem tagadhatja, hogy Németország történelmére és kultúrájára a kereszténység és a zsidóság gyakorolt hatást, nem az iszlám. Számomra ez határozza meg, hogy mi tartozik Németországhoz” – jelentette ki Seehofer.
A CSU elnöke a tegnapi interjúban azzal is kiváltotta egyes német véleményformálók haragját, hogy a schengeni övezeten belüli ideiglenes határellenőrzések fenntartását javasolta. Seehofer szerint amíg nem biztosított az EU határainak teljes körű védelme, addig folytatni kell a Németországban a menekültválság kitörése után bevezetett ellenőrzéseket. A bevándorlásellenes politikájáról ismert, ezáltal a kancellár asszonnyal is vitába keveredett belügyminiszter szerint az unió belátható időn belül nem fogja tudni megszervezni a határvédelmet. Seehofer kritikusan beszélt a keleti tagállamokkal szemben használt kioktató hangnemről is, ami a menekültkvótákról folytatott vitát illeti. Szerinte a lesajnáló stílus kontraproduktív, mert minden államnak megvan a maga büszkesége.
Úgy véli, a rugalmas szolidaritás elvét kellene alkalmazni, vagyis minden tagállamnak a maga módján kellene hozzájárulnia a menekültválság megoldásához: aki nem a migránsok befogadásával, az például pénzügyi támogatással vagy a határvédelem hatékonyabb megszervezésével.