A kezdeti elutasítás után Málta végül engedélyezte, hogy a Mission Life német civil szervezet Lifeline nevű mentőhajója mintegy 230 migránssal és 17 fős legénységgel a fedélzetén kikössön a szigeten, így a hajó befuthatott a főváros, Valletta közelében lévő Isla kikötőjébe.
A vízi jármű hat napon át várakozott a kimentett emberekkel a Földközi-tenger nemzetközi vizein, mert nem kapott engedélyt a kikötésre az Európai Unióban. A mentőhajó előtt korábban Spanyolország és Olaszország sem nyitotta meg kikötőit. Végül azonban Joseph Muscat máltai miniszterelnök szerdán közölte: a hajó kiköthet a szigetországban. A jármű utasait rendőrök és orvosok fogadták a kikötőben; négy főt, köztük három újszülöttet haladéktalanul kórházba kellett szállítani a fedélzetről.
Muscat ismertette, hogy eddig Máltán kívül hét ország – Írország, Olaszország, Luxemburg, Portugália, Franciaország, Belgium és Hollandia – ajánlotta fel, hogy befogad migránsokat a Lifeline-ról. A kormányfő hivatala később közleményben pontosította: „csak a valódi menedékkérőknek” engedik meg, hogy Európában maradhassanak, a gazdasági bevándorlókat visszaküldik hazájukba.
A máltai rendőrség egy adminisztrációs központba szállította a menedékkérőket, ahonnan az erre hajlandó tagállamok átveszik a feltételeknek megfelelő embereket. Muscat felhívta a figyelmet: a tehermegosztási alku nélkül Málta nem engedte volna kikötni a hajót, annak dacára sem, hogy a Lifeline-t a szél korbácsolta tengeren egy héten keresztül magas hullámok dobálták, s ettől utasai tengeribetegségben szenvedtek.
Málta egyúttal közölte: a mentőhajó legénysége ellen vizsgálatot indítanak, a „hontalan” vízi járművet pedig lefoglalják, mert az azt fenntartó civil szervezet bizonyíthatóan hazudott annak hollandiai regisztrációjáról. – A holland hatóságok hivatalosan cáfolták, hogy a jármű az ő zászlajuk alatt hajózik – tették hozzá.
A kormányfő szerint a Lifeline nem is kutató és mentő járműként van regisztrálva, hanem kirándulóhajóként tartják nyilván. Továbbá nem engedelmeskedett a mentési műveleteket koordináló olasz hatóságok utasításainak, valamint időnként kikapcsolta nyomkövetőjét abból a „nyilvánvaló célból, hogy eltitkolja tartózkodási helyét”.
Muscat, bár nem mondta ki, ezzel arra célzott, hogy a Lifeline az embercsempészek bűntársaként tevékenykedett a mentési munka leple alatt. Ruben Neugebauer, a Mission Life szóvivője a máltai fenyegetésekre reagálva elmondta, hogy ez részét képezi azoknak a törekvéseknek, amelyekkel az európai kormányok kriminalizálni akarják a civil szervezetek tevékenységét.
Leszögezte: a civil szervezet munkatársai nem követtek el szabálytalanságot, s rendelkeznek a Muscat gyanúsításait cáfoló iratokkal. Axel Steier, a Mission Life vezetője pedig arról beszélt az al-Dzsazíra pánarab televízió-nak, hogy a hajó gond nélkül tevékenykedett az elmúlt évben, s csak az új, bevándorlásellenes olasz kormány hivatalba lépése után támadtak problémák. Közölte, 549 embert mentettek meg 2017-ben.
Az átvevő országok között nem szerepel Németország, mivel a szövetségi kormány még szerdán közölte, egyelőre egyetlen főt sem fogad be a Life-line által kimentett emberek közül. Később Horst Seehofer belügyminiszter azt mondta, a kormánynak nincs tennivalója az ügyben, vagyis Németország valóban nem fogad be senkit a mentőhajóról.
Visszautasította ugyanakkor a Bundestagban az ellenzéki Zöldek és a radikális baloldal vádját, miszerint a kormány embertelen módon jár el. Kiemelte, Németország 2016-ban és 2017-ben több menedékkérőt fogadott be, mint az EU többi tagországa együttvéve.