A 2. világháború után letartóztatott, a fasizmussal való együttműködés vádjával 1947-ben halálra ítélt, majd – miután ítéletét életfogytiglani börtönbüntetésre módosították – a morvaországi Mírov várbörtönben 1957-ben elhunyt Esterházy János hamvait a múlt század hatvanas éveiben helyezték el titokban más politikai foglyok hamvaival együtt az akkori jeltelen motoli tömegsírban.
Esterházy János neve csak néhány éve került fel a prágai Kommunizmus Áldozatainak Emlékművére. A felvidéki magyar politikust mindmáig sem Szlovákia, sem Csehország nem volt hajlandó rehabilitálni, így hivatalosan továbbra is háborús bűnösként tartják nyilván. A csehországi magyarok azonban tisztelik Esterházyt, igyekeznek megtisztítani nevét a vádaktól, és elérni rehabilitációját.
Áder János ünnepélyes főhajtása után több csehországi magyar szervezet képviselői is megkoszorúzták az emlékművet.
A motoli megemlékezést követően – hivatalos csehországi látogatása második napján – a magyar államfő a nyugat-csehországi Karlovy Varyba utazott, ahol találkozott a régió vezetőivel. Felkereste többek között a városban található Arany János-emlékhelyeket is.
A költő 1869 és 1876 között évente járt az akkori Karlsbadban gyógykezelésen. A magyar államfő koszorút helyezett el a költő egykori lakhelyének falán lévő emléktáblánál.