Ismét a bírói függetlenség elleni támadással vádolja az ellenzéki sajtó a kormányt, miután Lázár János a csütörtöki Kormányinfón megjegyezte, hogy a taopénzek nyilvánosságáról szóló perekben rendre Baka András járt el tanácsvezető bíróként a Kúrián. A Miniszterelnökséget vezető miniszter emlékeztetett arra, hogy Baka „nagyon haragszik Magyarország kormányára és a Fideszre”. A baloldali sajtó azonnal a volt főbíró védelmére sietett, pedig Baka elfogultsága nem csak a kormányt érintő ügyekben vált eddig beszédtémává, alkalmasságát is megkérdőjelezték korábban szakmai körökben.
Emlékezetes, hogy Baka András 2009 és 2011 között állt a Legfelsőbb Bíróság (LB), a Kúria elődjének az élén. Már a megválasztása sem volt zökkenőmentes. Személyét Sólyom László, akkori köztársasági elnök igyekezett mindenáron elfogadtatni az Országgyűléssel, ám ez csak harmadjára sikerült. Kinevezését azonban nem csak a politikusok, a szakma sem fogadta egyöntetű lelkesedéssel: az Országos Igazságszolgáltatási Tanács (OIT) például nem támogatta a jelölést. Kinevezése ellen szólhatott például, hogy hazai bírósági gyakorlata egyáltalán nem volt: 1991-ben az Emberi Jogok Európai Bíróságára került, ahol 16 éven át ítélkezett a magyar viszonyoktól és jogszabályoktól merőben idegen környezetben.
Talán ennek is tudható be, hogy egy főbírótól szokatlan módon Baka többször élesen bírálta a nyilvánosság előtt a Fidesz–KDNP 2010-zel elkezdett kormányzását. Elítélte az alkotmányozást, és ami beszédesebb, a semmisségi törvény megszavazását is. Csak emlékeztetőül: azét a jogszabályét, amely a 2006-os rendőrterror áldozatainak ügyét volt hivatott rendezni. A leghangosabban a saját hatalmát érintő változások miatt emelte fel a szavát. Azzal vádolta a kormányt, hogy az OIT megszüntetésével és az Országos Bírósági Hivatal felállításával brutális hatalomkoncentrációt valósít meg, miközben például csak az történt, hogy az LB és az OIT vezetését, amit Baka egy személyben látott el, különválasztották.
Ráadásul az újólag felállított Kúria elnökével szemben az Országgyűlés elvárásként támasztotta a legalább ötéves hazai bíráskodási gyakorlatot, amivel el is vesztette főbírói hivatalát. Ezt a kormánnyal szemben megfogalmazott kritikájára adott bosszúnak állította be, majd volt munkaadójához, a strasbourgi bírósághoz fordult, amely később elmarasztalta a magyar államot. A döntést lelkesen fogadta a balliberális ellenzék és persze a Soros György által támogatott jogvédők, például a Helsinki Bizottság, amely a kezdetektől támogatta Baka harcát a magyar kormánnyal szemben. Ugyanezek a jogvédők később számos ügyükkel kötöttek ki a Baka vezette kúriai tanács előtt, amely gyakorta döntött a javukra.
Érdemes hozzátenni, hogy Baka András tanácsvezetői kinevezéséért a Kúria elnökeként Darák Pétert terheli a felelősség. Az ő döntésén múlik ugyanis, hogy Baka tagja, sőt vezetője lehet évről évre a sajtó-helyreigazítási, személyiségi jogi és adatkezelésekkel kapcsolatos ügyekről döntő tanácsnak. Más ügyekben is megkérdőjeleződött már Baka András elfogulatlansága.
A Budapesti Ügyvédi Kamara 2014-es tisztújítása miatt például többen pert indítottak. Az eljárás érintette Baka volt ügyvédjét, ezért amikor a Kúria elé került az ügy, a tanácsvezető vélelmezhető elfogultsága miatt a felperesek kezdeményezték a korábbi főbíró kizárását. Ez nem történt meg. Az érdemi határozat megszületése után pedig a panaszosok úgy érezhették – akárcsak most Lázár János –, hogy nem volt alaptalan az aggodalmuk, az ügy ugyanis a másodfokhoz képest teljesen megfordult, és egy, a Baka volt jogi képviselője számára kedvező határozattal zárult.
Amikor az LB megszűnt, s Baka hivatalát vesztette, az Index – függetlenségét kihangsúlyozandó – azt írta róla, hogy Paczolay Péterrel, az Alkotmánybíróság akkori elnökével együtt 2010 óta a politikától való távolságtartás jegyében nem vesz részt állami rendezvényeken. 2009-ben érdekes módon még egyikük sem érezte szükségét, hogy elhatárolódjanak a pártoktól. Nem egy fotón, tévéhíradóban tűntek fel Bajnai Gordon oldalán, amit nehéz másként értelmezni, mint hogy Baka András számára csak a Fidesz–KDNP vállalhatatlan.